KURSLAR


FREESURFER YAZILIMI İLE NİCEL NÖROANATOMİ KURSU

İçerik: Bu eğitimde, FreeSurfer yazılımı kullanılarak yapısal manyetik rezonans görüntülerinin (MRG) işlenmesi kapsamlı bir şekilde ele alınacaktır. Katılımcılar, öncelikle veri ön işleme adımları ve görüntülerin FreeSurfer formatına uygun hale getirilmesi süreçleriyle tanışacaklardır. Ardından, kortikal ve subkortikal beyin bölgelerinin segmentasyon ve parselasyon işlemleri uygulamalı olarak gösterilecektir. Hippokampus, amigdala, talamus ve hipotalamus gibi temel derin beyin yapılarının ayrıntılı segmentasyonu gerçekleştirilecek ve bu bölgeler için hacimsel ölçümler elde edilecektir; ayrıca, kortikal bölgelerde kalınlık ölçümleri hesaplanacaktır. Eğitimin devamında, elde edilen nicel veriler üzerinden temel istatistiksel analizler gerçekleştirilecek ve sonuçların görselleştirilmesi ile yorumlanmasına odaklanılacaktır. Eğitimde ayrıca, kortikal yüzey üzerinden ölçümlerin elde edilmesi ve bu veriler kullanılarak grup karşılaştırmalarına yönelik yüzey temelli analizler gerçekleştirilecektir. Kurs, katılımcılara araştırmalarında FreeSurfer yazılımını etkin şekilde kullanma becerisi kazandırmayı hedeflemektedir.

Kurs Planı: Kuramsal anlatım ve yöntemlerin bilgisayarda demonstrasyonu

Süre: Tam Gün

Yer: Başkent Üniversitesi Bağlıca Kampüsü ANKARA

Eğitimciler: Ali Bayram, Ulaş Ay, Emre Harı

Saat FreeSurfer Yazılımı ile Nicel Nöroanatomi Kursu
10:00 – 10:50 İnsan beyninin MRG verileri kullanılarak yapısal haritalaması
Eğitmen: Dr. Öğr. Üyesi Ali Bayram
10:50 – 11:00 Ara
11:00 – 12:00 FreeSurfer'a giriş
Eğitmen: Dr. Emre Harı
• Temel analiz komutlarının açıklanması
• Analiz aşamaları
• Rekonstrüksiyon hataları
• Hacim ve kalınlık değerlerinin çıkartılması
• Freeview görselleştirme uygulaması
12:00 – 13:00 Öğle Yemeği
13:00 – 13:50 FreeSurfer'da segmentasyon ve parselasyon uygulamaları
Eğitmen: Dr. Emre Harı
• FreeSurfer içerisindeki atlasların tanıtılması
• Hippokampus, amigdala, talamus ve hipotalamusun detaylı segmetasyonu
• Normalizasyon ve istatistiksel düzeltmeler
13:50 – 14:00 Ara
14:00 – 14:50 FreeSurfer'da yüzey temelli analizlere giriş
Eğitmen: Dr. Ulaş Ay
• Grup düzeyinde yüzey temelli analiz için hazırlık aşamaları
• İstatistiksel analiz: genel doğrusal model oluşturma
• Çoklu karşılaştırma düzeltme yöntemleri
14:50 – 15:00 Ara
15:00 – 16:00 FreeSurfer'da yüzey temelli analizlerin pratik uygulamaları
Eğitmen: Dr. Ulaş Ay
• Örnek veri seti üzerinden bir önceki oturumda anlatılan teorik bilgilerin pratik uygulaması
• Sonuçların görselleştirilmesi ve raporlanması